人类改造战士的顶点，最强剑士，坚守人类对抗魔物第一防线、斩杀无数魔物的英雄萨菲罗斯，于星历2002年10月屠戮西方大陆随即堕魔，后被随行普通兵斩杀，后方人类哗然震惊。
神罗生物能源公司在民怨沸腾中难以承受生物改造兵器失控的后果，一时间所有前线生物改造战士都要进行检验回收处理。
克劳德·斯特莱夫，普通士兵，星历2000年3月通过神罗士兵选拔，星历2001年6月未通过生物改造战士选拔淘汰原因：魔晄不耐受，同月参与机密资料护送任务，10月随行扎克斯·菲尔被派遣梅德里奥溪谷调查魔晄开采设施，星历2002年5月被派遣救助朱诺居民，9月随行萨菲罗斯、扎克斯·菲尔被派遣调查西方大陆尼布尔海姆村产生大量魔物的魔晄炉，10月于西大陆惨案发生后斩杀萨菲罗斯，自身重伤昏迷五年。
星历2007年10月，魔物有序迁徙盘踞北方大陆，据最新消息，萨菲罗斯沉睡于北方大空洞即将复活。
谁也没想到堕魔的英雄竟然没死，而是随着生命之流汇聚漂流至北方大空洞，当英雄站在人类的对立面时，人类才感受到曾经被英雄支配的魔物所承受的恐惧，无处不在的Yin霾压抑在心头。
这一次，人类真的能胜利吗？
危难之际神罗生物能源公司宣布，五年前打败萨菲罗斯的人类英雄苏醒过来，将赶往北方大空洞对抗萨菲罗斯。
克劳德那双昭示经过改造的瑰丽瞳眸盯住神罗负责改造项目的宝条博士，“你要保证爱丽丝的安全。”
狂热的科学家发出乌鸦般令人不适的刺耳笑声，“我可爱的夏娃……还是莉莉丝？”
完美融入萨菲罗斯细胞的复制体，本应沦为傀儡却找回意识拒绝主体的支配，本该对应肋骨创造的夏娃，却成为让人不可置信的莉莉丝，与主体平等的存在。
“放心，我保证，只要你去见他。”
克劳德不管他的疯言疯语，“我会去找他做个了断。”
背负所有人类的希冀，样貌过于稚嫩，可以说得上只是少年的男孩，踏上拯救人类的旅途。
但在这之前，他需要了却一桩心事。
人类后方的中心神罗大厦，无数不知从哪儿钻出来的魔物在大厦肆虐，它们从地底一路向上攀爬破坏，警报没来得及触发就已经沦陷。
星历2007年11月，神罗公司豢养研究魔物，用魔物母本制造生物改造战士曝光，神罗走向没落。
星历2007年12月，人类英雄克劳德失踪，疑似被萨菲罗斯打败。
星历2008年1月，人类英雄克劳德再次出现，于北方大空洞打败萨菲罗斯。
不甘回归生命之流的萨菲罗斯丢弃所有无意义的记忆，将克劳德作为Jing神核心，只要克劳德记得他，他就能永远存在。就算缺了什么也不用担心，克劳德会使他变得完整。
此后盘踞北方大陆的魔物四散奔逃，逐渐被人类消灭。
星历2009年9月，高等人形魔物复活萨菲罗斯，人类英雄克劳德再次与其决战，将其送回生命之流。
纯白空间，除了一张床没有别的东西。
克劳德不明白自己是怎么来到这里的，也不明白为什么宿敌萨菲罗斯也在这里，但身体比脑子更快提剑就砍了过去。
锵——
金属剧烈碰撞，蓝色中环绕一圈绿色的眼睛与幽绿猫瞳对视，金发钉子头的青年虽然面容一直没有改变，但成长使他看起来不再像假装大人的少年。
“萨菲罗斯！你做了什么？”
萨菲罗斯游刃有余地回答，“显然这不在我们的意料之中。”
两人在陌生地方都没有动真格，试探几招后避免两败俱伤默契收手。
“你应该在生命之流。”
“或许是你的思念召唤了我。”
克劳德已经不会对萨菲罗斯总是让人误会的话感到吃惊，冷漠着美丽的脸，“我没有思念你。”
萨菲罗斯从床上找到一张纸条，慢慢念出来，“不点亮yIn纹就无法出去的房间。”
克劳德像金色小鸟突然炸毛，劈手夺过纸条，撕了个粉碎，冷静下来后看起来很尴尬地沉默了。
萨菲罗斯若有所思，“试试联手劈开这里？”
克劳德答应得十分迅速，“嗯！”
一顿输出空间完好无损，甚至未知源头的光线明亮了几分。
“看来只能遵照之前的提示了。”
克劳德攥紧握大剑的手，“不可能！”
萨菲罗斯带着莫名的笑意，“或许……你该跟我解释一下，什么是yIn纹。”
克劳德表情一片空白，看起来很像一个被sao扰的无辜少女，“不……”
“你突然失踪的消息多久会被那些人类收到？他们会很担心你吧。”
萨菲罗斯与他的距离过近，春樱的香气从头发扩散到鼻尖，“我困在这里没关系，但若是不受理智支配的